Chuyến bay GE235 dự định cất cánh từ sân bay Tùng Sơn ở Đài Bắc đến Kim Môn. Phi hành đoàn bao gồm 3 phi công và hai tiếp viên. Trong chuyến bay này, cơ trưởng Liễu Kiến Tông, 42 tuổi, lại là người non kinh nghiệm nhất với 4.914 giờ bay, nhưng chỉ có 250 giờ điều khiển ATR 72.
Cơ phó là ông Lưu Tự Trung. Tuy mới 33 tuổi, phi công này đã tích luỹ 6.922 giờ bay. Ngoài ra, ngồi ghế phụ buồng lái là kỹ sư kỹ thuật Lưu Tự Trung 63 tuổi với 16.121 giờ bay, trong đó 6.482 giờ trên máy báy ATR 72.
Báo cáo cuối cùng về vụ rơi máy bay được công bố vào năm 2016. Nội dung báo cáo cho thấy chưa đầy 1 phút sau khi cất cánh, máy bay đạt độ cao khoảng 365 m thì chuông cảnh báo vang lên. Màn hình hiển thị rằng động cơ số 2 (bên phải) của máy bay đã gặp trục trặc.
Mọi thứ có lẽ sẽ tốt hơn nếu các phi công quyết định quay trở lại sân bay Tùng Sơn khi nhận thấy tín hiệu cảnh báo này. Nhưng sai lầm trong phán đoán của cơ trưởng đã trả giá bằng tính mạng của hàng chục con người.
Trước tình huống đó, cơ trưởng chưa nhìn kỹ thông tin trên màn hình hiển thị đã quyết định làm theo phán đoán cá nhân, tắt chế độ lái tự động. Sau đó, ông kéo cần gạt giảm công suất động cơ số 1 (bên trái) vì nghĩ đây là động cơ gặp vấn đề.
Chiếc máy bay này vốn được thiết kế để có thể bay ổn định chỉ với một động cơ. Nhưng vì cơ trưởng đã kéo giảm hết cỡ công suất của bên động cơ hoạt động bình thường, máy bay càng thêm chao đảo và hạ độ cao nhanh chóng.
Đến lúc này, phi hành đoàn vẫn chưa phát hiện ra vấn đề rằng động cơ số 2 mới thực sự là bên bị hỏng. Trong lúc máy bay lao xuống, cơ trưởng lại kéo cần tăng công suất động cơ số 2. Sau đó, cơ trưởng đã đưa ra quyết định sai lầm nhất trong cuộc đời mình, đó là tắt động cơ số 1, thứ đã giúp máy bay cầm cự từ lúc xảy ra sự cố. Khi mất hoàn toàn hai động cơ, máy bay hoàn toàn mất kiểm soát.
Lúc này, cơ trưởng Liễu mới nhận ra vấn đề là ông đã… tắt nhầm động cơ. Các phi công sau đó nỗ lực khởi động lại động cơ số 1 nhưng đã quá muộn. Chiếc máy bay cứ thế lao về khu dân cư đông đúc phía dưới. Và để tránh tối đa thiệt hại, cơ trưởng đã điều khiển máy bay xoay nghiêng một góc 90 độ về phía sông Cơ Long.
Từ camera hành trình của một số chiếc ô tô, chiếc máy bay này sượt qua giữa các toà nhà. Cánh máy bay va quệt với một chiếc taxi và lan can trên cầu vượt rồi lao xuống sông. Điều kỳ diệu là hai người trên trong chiếc taxi đã may mắn sống sót.
Nhưng chiếc máy bay bị gãy làm đôi khi lao xuống dòng sông nông. Mặc dù các đội cứu hộ đến hiện trường chỉ trong vòng vài phút, nhưng thiệt hại thì quá lớn. Sau cùng, 43 người trên chuyến bay GE235 của TransAsia Airways đã thiệt mạng. Toàn bộ ba phi công đều không qua khỏi. Chỉ có 15 người sống sót, trong đó phi hành đoàn còn 1 nữ tiếp viên.