Tàu ngầm kể từ khi ra đời đă đóng vai tṛ then chốt trong chiến tranh trên biển cũng như khẳng định sức mạnh hải quân mỗi nước. Có một số tàu ngầm đă biến mất không rơ lư do trong Thế chiến thứ hai và đến giờ vẫn chưa được t́m thấy.
USS Capelin (SS-289) là tàu ngầm lớp Balao, được hạ thủy ngày 20-1-1943 và được đưa vào hoạt động vào tháng 6 cùng năm.
Tàu USS Capelin khởi hành đi tuần tra vào ngày 17-11-1943, nhưng đến ngày 1-12 năm đó, tàu ngầm và thủy thủ đoàn gồm 78 người đă biến mất quanh vùng biển phía Tây Thái B́nh Dương
Giả thuyết cho rằng, con tàu biến mất do các cuộc tấn công và ḿn của hải quân Nhật Bản nhưng cho đến nay vẫn chưa có câu trả lời thuyết phục.
USS Amberjack là tàu ngầm lớp Gato, được hạ thủy vào ngày 6-3-1942 và phục vụ ở mặt trận Thái B́nh Dương trong Thế chiến thứ hai, bắt đầu từ tháng 1-1943.
Tuy nhiên, tàu ngầm USS Amberjack đang chở thủy thủ đoàn hơn 70 người th́ biến mất và không có bằng chứng cho thấy nó bị ch́m trong một cuộc tấn công của kẻ thù
USS Grampus cũng được tin là chịu chung số phận giống USS Amberjack bởi tàu ngầm lớp Tambor biến mất không để lại dấu vết sau chuyến tuần tra vào ngày 11-2-1943.
USS Kete (SS-369) là tàu ngầm lớp Balao biến mất sau khi rời đảo Guam phía tây Thái B́nh Dương vào ngày 1-3-1945. Tàu USS Kete khi đó chở thủy thủ đoàn gồm 87 người và được phát hiện mất tích vào khoảng ngày 20-3-1945 ở ngoài khơi quần đảo Ryukyu
Tàu ngầm lớp EML Lembit có 2 chiếc do Anh chế tạo và được Hải quân Estonia sử dụng. Một chiếc có tên Lembit phục vụ và sống sót trong Thế chiến thứ hai.
Tuy nhiên, “chị em” của nó là EML Kalev với thủy thủ đoàn gồm 32 người đă biến mất đâu đó quanh Vịnh Phần Lan vào tháng 11-1941.
Tàu ngầm loại VIIC U-972 được Đức Quốc xă sử dụng trong Thế chiến thứ hai. Nó được báo cáo mất tích vào ngày 1-2-1944, nhưng có khả năng mất dấu khoảng 1 tháng trước đó, ở đâu đó trên biển Bắc Đại Tây Dương.
Về nguyên nhân, có giả thuyết cho rằng chiếc U-972 bị đánh ch́m bởi ngư lôi âm thanh T5 của chính nó. Tuy nhiên, giả thuyết này chưa bao giờ được chứng minh nên nguyên nhân dẫn đến sự biến mất của U-972 vẫn chưa được làm rơ.
ORP Orzeł là một tàu ngầm Ba Lan do Hà Lan chế tạo. Khi Đức xâm lược Ba Lan vào tháng 9-1939, thủy thủ đoàn của ông đă chuyển đến Estonia nhưng lại bị chính quyền Estonia bắt giữ.
Trốn thoát được sang Anh, nhưng đáng buồn thay, vào tháng 6-1940, tàu Orzel được thông báo mất tích trong một nhiệm vụ tuần tra ở Biển Bắc.
USS Swordfish là tàu ngầm đầu tiên của Mỹ đánh ch́m tàu Nhật Bản trong Thế chiến thứ hai.
Tuy nhiên, vào ngày 22-12-1944, chiếc tàu ngầm thực hiện nhiệm vụ thứ 13 nhưng không bao giờ quay trở lại. Liên lạc vô tuyến với USS Swordfish bị mất sau ngày 2-1-1945. Không ai biết chính xác chuyện ǵ đă xảy ra.
USS Grayling là tàu ngầm tấn công lớp Sturgeon hoạt động ở Thái B́nh Dương sau cuộc tấn công Trân Châu Cảng.
Tàu USS Grayling biến mất một cách bí ẩn vào khoảng cuối tháng 8 hoặc tháng 9-1943. Không ai biết chuyện ǵ đă xảy ra với chiếc tàu ngầm và thủy thủ đoàn gồm 53 người.