Theo thông tin từ Cục Cảnh sát kinh tế cho biết, đơn vị đang phối hợp với Thanh tra Chính phủ (TTCP) tiếp nhận hồ sơ liên quan đến những sai phạm tại 2 dự án bệnh viện Bạch Mai và Việt Đức cơ sở 2 để xem xét xử lư, giải quyết theo thẩm quyền.
Theo kết luận của TTCP, 2 dự án trên được chủ đầu tư tŕnh và được Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt chủ trương thuê tư vấn nước ngoài để lập dự án. Thời điểm đó, Ban Quản lư dự án y tế trọng điểm (do Bộ trưởng Bộ Y tế kư quyết định thành lập) có tờ tŕnh với nội dung: "Công tŕnh xây dựng phải được đầu tư thiết kế và xây dựng với những giải pháp kiến trúc linh hoạt, cùng những vật liệu mới phù hợp với sự tiến bộ của trang thiết bị ngày càng nhiều về chủng loại và hiện đại về công nghệ. Do vậy, các đơn vị tư vấn xây dựng trong nước không đảm bảo yêu cầu mà cần thiết phải thuê tư vấn nước ngoài để thực hiện dự án".
Tŕnh nội dung trên, nhưng Ban Quản lư dự án y tế trọng điểm (Ban YTTĐ) không cung cấp được tài liệu chứng minh khẳng định "các đơn vị tư vấn xây dựng trong nước không đảm bảo yêu cầu mà cần thiết phải thuê tư vấn nước ngoài để thực hiện dự án". TTCP cho biết, thời điểm trước đó có đơn vị tư vấn trong nước đă thực hiện tư vấn lập dự án, tư vấn thiết kế kỹ thuật thi công - dự toán công tŕnh với quy mô giường bệnh lớn hơn.
Đơn vị này từng tư vấn lập dự án đầu tư xây dựng công tŕnh Bệnh viện đa khoa 1.500 giường bệnh của tỉnh B́nh Dương. Dự án đă được UBND tỉnh B́nh Dương phê duyệt tư vấn thiết kế kỹ thuật thi công - dự toán công tŕnh. Việc tŕnh, phê duyệt chủ trương thuê tư vấn nước ngoài khi không đủ căn cứ để khẳng định nhà thầu trong nước không có khả năng đáp ứng là vi phạm quy định tại điểm c khoản 1 Điều 13 Luật Đấu thầu năm 2005. Việc không chứng minh được về sự cần thiết của việc thuê tư vấn nước ngoài c̣n vi phạm nguyên tắc thuê tư vấn nước ngoài quy định tại khoản 1 Điều 2 Quy chế thuê tư vấn nước ngoài trong hoạt động xây dựng tại Việt Nam.
TTCP cũng khẳng định, Giám đốc Ban YTTĐ mới tŕnh phê duyệt chủ trương thuê tư vấn nước ngoài để lập dự án, nhưng tại Quyết định số 996/QĐ-BYT, Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt thêm cả chủ trương thuê tư vấn nước ngoài thiết kế 2 dự án khi không có đề xuất và ở thời điểm 2 dự án c̣n chưa được phê duyệt.

Tháng 5/2014, Bộ Y tế có thông báo về kết quả làm việc ngày 16/4/2014 của lănh đạo Bộ đánh giá chuyến công tác khảo sát các bệnh viện nước ngoài của Ban YTTĐ (khảo sát các công tŕnh bệnh viện do Công ty VK thiết kế tại Vương quốc Bỉ và các công tŕnh y tế khác tại CHLB Đức), trong đó Bộ trưởng Bộ Y tế có ư kiến kết luận và chỉ đạo như sau: "Qua báo cáo của đoàn công tác, việc lựa chọn Công ty VK (Vương quốc Bỉ) là đơn vị tư vấn chuyên thiết kế bệnh viện đă có các công tŕnh bệnh viện được xây dựng tại Bỉ có quy mô lớn, tương đồng với Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức là phù hợp. Về tiến độ, đề nghị Ban QLDA cùng với Công ty VK lập tiến độ triển khai thực hiện dự án, trong đó đến hết tháng 5/2014 lựa chọn xong phương án thiết kế (ư tưởng thiết kế); từ tháng 6 đến tháng 9/2014 lập xong dự án đầu tư bao gồm thuyết minh và thiết kế cơ sở".
Nội dung kết luận nêu trên thể hiện chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Y tế đă xác định Công ty VK là đơn vị tư vấn lập dự án, trong khi chưa tổ chức lựa chọn nhà thầu. Thực tế, kế hoạch lựa chọn nhà thầu lập dự án đến ngày 26/6/2014 mới được Giám đốc Ban YTTĐ phê duyệt, sau đó mới thực hiện lựa chọn nhà thầu. Theo TTCP, việc làm này là trái quy định tại Chương 2 Luật Đấu thầu năm 2005. Như vậy, việc tŕnh, phê duyệt chủ trương thuê tư vấn nước ngoài lập dự án mang tính chủ quan, cố ư lựa chọn tư vấn nước ngoài là Công ty VK khi chưa đánh giá khả năng đáp ứng điều kiện về năng lực, kinh nghiệm của tư vấn trong nước, vi phạm nghiêm trọng các quy định của pháp luật về đấu thầu và quy chế thuê tư vẫn nước ngoài trong hoạt động xây dựng tại Việt Nam.
Trách nhiệm thuộc Bộ trưởng Bộ Y tế, Giám đốc Ban YTTĐ, Vụ Trang thiết bị và Công tŕnh y tế cùng các đơn vị, cá nhân trực tiếp có liên quan. TTCP đă gửi kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ trưởng Bộ Y tế tổ chức kiểm điểm trách nhiệm và có h́nh thức xử lư với bộ trưởng, thứ trưởng được phân công phụ trách 2 dự án theo từng thời kỳ. Trong đó, bà Nguyễn Thị Kim Tiến, Bộ trưởng Bộ Y tế trong thời gian từ tháng 8/2011 đến tháng 11/2019, trực tiếp kư các quyết định liên quan đến 2 dự án bệnh viện từ năm 2013 đến năm 2017. Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Viết Tiến phụ trách lĩnh vực xây dựng cơ bản từ ngày 15/11/2018 đến 31/8/2019; phụ trách Ban Quản lư dự án chuyên ngành xây dựng công tŕnh y tế từ ngày 22/12/2016 đến 31/8/2019.
Thứ trưởng Nguyễn Trường Sơn phụ trách Ban Quản lư dự án chuyên ngành xây dựng công tŕnh y tế từ ngày 27/3/2021. Ông Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công tŕnh y tế (nay là Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế), Bộ Y tế từ năm 2011 đến tháng 11/2021. Hai Phó vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công tŕnh y tế gồm: ông Nguyễn Doăn Tú (từ năm 2013 đến tháng 7/2018) và ông Nguyễn Kim Trung (từ tháng 7/2016 đến năm 2021). Giám đốc Ban quản lư dự án y tế trọng điểm gồm: ông Nguyễn Chiến Thắng, Nguyễn Hữu Tuấn và Nguyễn Trường Sơn (kiêm nhiệm)...